При преработка и/или търговия на биологични земеделски продукти и производство на биологични храни и фуражи се прилагат правилата за биологично производство на Регламент (ЕС) 848/2018и действащите национални разпоредби и нормативи. Обработката на преработени биологични храни трябва да се извършва отделно по време или място от небиологичните храни. Производството на преработени биологични фуражи се извършва отделно по време или място от производството на преработени небиологични фуражи.
Преработката на биологичните и на небиологичните суровини трябва да се извършва разделно по място или време – по дни/по смени (т.е. в деня или в смяната, в които се извършва производство на биологични продукти да не се извършва такова на конвенционални продукти) и тези изисквания да се документират и съхраняват като част от системата за самоконтрол на обекта.
Суровините, които ще се преработват е необходимо да бъдат с доказан биологичен произход. Всяка доставка трябва да бъде придружена от копия на валиден сертификат за биологичен произход.
Операторът трябва да е документирал технологичните процеси и параметри при производството на биологичния продукт(и). Целта на документирането и в последствие на предоставянето на записи е да се осигури и докаже ефективно разделение на биологичния от конвенционалния продукт(и), във всеки един момент от технологичния процес.
Необходимо е операторът да разполага с разписани процедури за почистване и дезинфекциране в обекта преди манипулиране с биологичните съставки.
Необходимо е операторът да води строга отчетност на произведените и реализирани количества биологичен продукт и информацията да бъде достъпна във всеки един момент на органа по сертификация.
Обектите за производство и съхранение на биологични продукти и прилежащите им терени трябва да се поддържат чисти и в добро състояние. Проектът, технологичният план, конструкцията, местоположението и размерите на помещенията в обектите трябва да се изпълняват по начин, който осигурява съответно поддържане, почистване и/или дезинфекция на помещенията и избягване или свеждане до минимум на замърсяване от въздуха.
Трябва да има условия за прилагане на добрите хигиенни и производствени практики, включително защита от замърсяване и борба с вредителите.
Растенията и растителните продукти, произведени по биологичен начин, се превозват само в затворени превозни средства, които не позволяват подмяна на тяхното съдържание без нарушаване целостта на печата. Входящият контрол на всички суровини, предназначени за влагане в биологични храни, е част от системата за биологично производство. Всяка доставка се вписва в регистър за входящ контрол на биологични суровини, като се отбелязват видът на суровината, количеството, доставчик, партида, срок на годност, условия и място на съхранение.
Трябва да се избягва физическото замърсяване чрез използване на едни и същи земеделски машини за сеитба или прибиране на реколтата, както и за транспортиране, или пък едни и същи складови помещения за генетично модифицирани култури и за биологични култури.
В сферата на биологичното производство разстоянието, на което се пренася продукцията и въглеродните емисии са от съществено значение. Някои от стандартите, които се поддържат от организации/асоциации не допускат износа със самолетен транспорт. Стоките, които се транспортират може да се пръскат само с разрешените за употреба в биологичното земеделие пестициди или почистващи препарати.
Пакетирането и транспорта на биологичните продукти трябва да се извършва само в подходящи опаковки, които да са затворени по такъв начин, че да не може да се извърши замяна на съдържанието и да бъдат снабдени с етикет.
Нетрайните хранителни биопродукти като хляб, месо, кисело и прясно мляко почти не се изнасят на външния пазар.
Всички производствени единици в обекта за преработка и/или търговия, включително управляваните по небиологичен начин, са обект на контрол.